پیگیری‌های مستند روزنامه اعتماد حاکی است که سید محمد خاتمی، درخواست رسمی برای عفو طولابی را مطرح می‌کند. اصل نامه معاونت حقوقی رییس‌جمهوری که در اختیار روزنامه اعتماد قرار گرفته و سایر اسناد و مدارک مرتبط با این پرونده، نشان می‌دهد که ریشه اصلی عفو طولابی از اتهامات سنگین نیز همین نامه بوده است.
در اصل نامه مرتبط با سید محمد خاتمی که محمد کمال عاصمی مشاور و رییس دفتر معاونت حقوقی و امور مجلس رییس‌جمهوری در تاریخ ۱۵مرداد سال ۸۰ آن را به دادسرای نظامی تهران ارسال کرده، آمده است: «با سلام- بدینوسیله اعلام می‌دارد، مقام محترم ریاست‌جمهوری (سید محمد خاتمی) از پاسدار رسمی آقای فرشاد طولابی شکایتی نداشته و رضایت خود را از نامبرده اعلام فرموده‌اند.» نامه‌ای که در تاریخ بهمن ماه ۸۱ با پاراف رسمی اصل نامه مورد تایید دفتر چهارم دادسرای نظامی تهران قرار می‌گیرد.
بیشتر بخوانید: زیباترین نوع ترور برایم این بود که خاتمی را بغل و با خودم منفجر کنم
در کنار این نامه، اسناد و نامه‌های دیگری نیز در این زمینه در اختیار روزنامه اعتماد قرار دارد که به دلیل محرمانه بودن از انتشار آنها خودداری می‌کند. اما به‌طور کلی نامه دفتر سید محمد خاتمی رییس‌جمهور وقت در خصوص عفو فرشاد طولابی نه تنها عین واقعیت است، بلکه بر اساس اسناد رسمی، خاتمی به خانواده طولابی نیز کمک مالی کرده است. برخی از نزدیکان خاتمی در جریان گفت‌وگو با «اعتماد» ضمن تایید این نامه و موضوع درخواست خاتمی برای عفو طولابی، اعلام می‌کنند که خاتمی بر اساس رویکردی که در خصوص مخالفان خود داشته، تلاش برای اعلام عدم شکایت از طولابی را برنامه‌ریزی کرده است.