شورای رهبری وزارت تحصیلات عالی گروه طالبان استدلال کرده است که شامل ساختن فقه جعفری در نصاب آموزشی دانشگاه‌های افغانستان باعث خواهد شد که سایر مذاهب موجود در افغانستان نیز تقاضای مشابه را مطرح کنند.
در متن جلسه شورای رهبری وزارت تحصلات عالی طالبان که به دسترس رسانه‌ها قرار گرفته، آمده است که «تقاضای شورای علمای شیعه به دلیل این‌که یک نظام واحد نیازمند نصاب و قانون واحد است، عملی نیست».
در این متن همچنین آمده است که افزودن آموزش فقه جعفری در نصاب آموزشی دانشگاه ها، باعث می‌شود که «زمینه مناقشه» بین دانشجویان فراهم شود و «دانشگاه بامیان، دانشگاه مشترک دانشجویان اهل تسنن و اهل تشیع است که از طرف اداره ملی امتحانات بدون در نظر گرفتن مذهب، دانشجو جذب می‌کند.»
این گروه همچنین در رد درخواست علمای شیعه افغانستان مبنی بر شامل ساختن فقه جعفری در نصاب آموزشی دانشگاه‌ها این مسئله را باعث مناقشه بین دانشجویان خوانده است.
اما در قانون اساسی سال ۱۳۸۲ خورشیدی افغانستان برای اولین بار مذهب تشیع در این کشور به رسمیت شناخته شد و دستور داده شد که قضایای مربوط به احوال شخصیه شیعیان در دادگاه‌ها باید مطابق فقه جعفری رسیدگی شود.
در پی آن، آموزش فقه جعفری نیز شامل نصاب آموزشی وزارت آموزش و پرورش افغانستان در مناطق شیعه نشین شد و در شماری از دانشگاه‌ها نیز فقه جعفری وارد نصاب درسی شده بود.
اما اکنون که گروه طالبان حاکم شده اند، آموزش فقه جعفری را از نصاب آموزشی کشور حذف کرده اند و در دانشگاه‌ها تنها مضمون «ثفافت اسلامی» بر اساس فقه حنفی، تدریس می‌شود.
شیعیان افغانستان تاکنون بار‌ها این مسئله را با مقامات طالبان مطرح کرده اند، اما به نظر می‌رسد که فیصله وزارت تحصیلات عالی این گروه، پاسخ نهایی آن‌ها به درخواست‌های شیعیان است و این گروه آموزش فقه جعفری و آزادی‌های مذهبی را در این کشور، نمی‌پذیرند.
این گروه همچنین در اقدامی دیگر از علمای اهل تشیع این کشور خواسته است تا پس از اعلام دادگاه عالی این گروه، عید سعید فطر را با شهروندان سنی یک‌جا تجلیل کنند.
این اقدامات در حالی صورت می‌گیرد که رویکرد حذفی طالبان در قبال سایر اقوام و مذاهب از جمله شیعیان غیرقابل انکار است.